rtStar™ Pre-designed tRF&tiRNA Primer Sets (H/M)

Arraystar supplies pre-designed tRF&tiRNA-specific PCR primers for the accurate quantification of individual tRFs&tiRNAs in qPCR.

Benefits

• Reliable results with full validated primers
• High sensitivity and specificity
• Accurate quantification over a wide linear range
• Time and cost savings with validated primers and SYBR Green assay

The Primer Sets perform superbly with the rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor) (CAT# AS-FS-003) and Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix.

Product NameCatalog No.DescriptionSizePrice
rtStar™ Pre-designed Human tRF&tiRNA qPCR Primer PairAS-NR-002-1-M200 reactions$175.00
rtStar™ Pre-designed Mouse tRF qPCR Primer PairAS-NR-002M-1-M200 reactions$175.00

rtStar™ Pre-designed Human tRF&tiRNA Primer Sets are part of the nrStar™ tRF&tiRNA PCR System, and can be used in combination with rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor)(AS-FS-003) for tRF&tiRNA detection and quantification.  All the primers have been validated in numerous sample types, and guarantee the most accurate and specific performance when used with Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Figure 1).

tRF_tiRNA_primer2.jpg

Figure 1. Amplification curve (A) and Dissociation curve (B) of example Human tRF-5005A.

tRF&tiRNA nametRF sequenceSource tRNACatalog Number
3’tiR_007_GluTTC (n)TTTCACCCAGGCGGCCCGGGTTCGACTCCCGGTGTGGGAACCAGluTTC (n)AS-NR-002-1-001
3’tiR_012_ArgCCT (n)CCTAAGCCAGGGATTGTGGGTTCGAGTCCCACCCGGGGTACCAArgCCT (n)AS-NR-002-1-002
3’tiR_026_GlnCTG (n)TGAATCCAGCGATCCGAGTTCAAATCTCGGTGGAACCTCCAGlnCTG (n)AS-NR-002-1-003
3’tiR_028_HisGTG (mt)TGTGAATCTGACAACAGAGGCTTACGACCCCTTATTTACCCHisGTG (mt)AS-NR-002-1-004
3’tiR_037_ArgCCG (n)GGAGCTGGGGATTGTGGGTTCGAGTCCCATCTGGGTCGCCAArgCCG (n)AS-NR-002-1-005
3’tiR_056_ValTAC (mt)TACACTTAGGAGATTTCAACTTAACTTGACCGCTCTGACCAValTAC (mt)AS-NR-002-1-006
3’tiR_060_MetCAT (n)TCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGATCCTCACACGGGGCACCAMetCAT (n)AS-NR-002-1-007
3’tiR_063_ArgCCT (n)TCCTAAGCCAGGGATTGTGGGTTCGAGTCCCATCTGGGGTGCCAArgCCT (n)AS-NR-002-1-008
3’tiR_075_GluTTC (mt)
GluTTC (mt-la)
TTCATATCATTGGTCGTGGTTGTAGTCCGTGCGAGAATACCGluTTC (mt)
GluTTC (mt-la)
AS-NR-002-1-009
3’tiR_078_ArgTCT (n)TTCTAATTCAAAGGTTCCGGGTTCGAGTCCCGGCGGAGTCGCCAArgTCT (n)AS-NR-002-1-010
3’tiR_080_ProTGG (mt)TTGGGTGCTAATGGTGGAGTTAAAGACTTTTTCTCTGACCProTGG (mt)AS-NR-002-1-011
3’tiR_082_ThrTGT (mt)TTGTAAACCGGAGATGAAAACCTTTTTCCAAGGACACCAThrTGT (mt)AS-NR-002-1-012
3’tiR_088_LysCTT (n)CTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGCCALysCTT (n)AS-NR-002-1-013
5003/4CGCATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCC
GCATTGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCC
GlyGCC
GlyGCC
AS-NR-002-1-014
5008CGCGTTGGTGGTATAGTGGTGAGCATAGCTGGlyTCCAS-NR-002-1-015
5009CGCTTCTGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGCValCACAS-NR-002-1-016
5016CGGGGGTATAGCTCAGTGGTAGAGCATTTGACTCysGCAAS-NR-002-1-017
5026/27CGTTTCCGTAGTGTAGTGGTCATCACGTTCGC
GTTTCCGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGC
ValAAC
ValAAC
ValCAC
AS-NR-002-1-018
TRF62AGCAGAGTGGCGCAGCGGAAGCGTGCTGGMetCATAS-NR-002-1-019
TRF315GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGGLysCTTAS-NR-002-1-020
TRF327GCCTTGGTGGTGCAGTGGTAGAATTCTCGCCTGlyCCCAS-NR-002-1-021
TRF353GGCCCCATGGTGTAATGGTTAGCACTCTGGAGlnTTGAS-NR-002-1-022
TRF419GGTAGTGTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCTGLeuTAGAS-NR-002-1-023
tiRNA-5033-ProTGG-1GGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTCTCGGTTTProTGGAS-NR-002-1-024
tiRNA-5033-GluTTC-1TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTGluTTCAS-NR-002-1-025
tiRNA-5029-GlyGCC-2GCGCCGCTGGTGTAGTGGTATCATGCAAGGlyGCCAS-NR-002-1-026
tiRNA-5034-ValCAC-2GCTTCTGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGCCTCValCACAS-NR-002-1-027
tiRNA-5034-ValCAC-3GTTTCCGTAGTGTAGCGGTTATCACATTCGCCTCValCACAS-NR-002-1-028
tiRNA-5030-HisGTG-1GCCGTGATCGTATAGTGGTTAGTACTCTGCHisGTGAS-NR-002-1-029
tiRNA-5030-GluTTC-1TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGluTTCAS-NR-002-1-030
tiRNA-5033-GluTTC-2TCCCATATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTGluTTCAS-NR-002-1-031
tiRNA-5030-LysCTT-2GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGGGLysCTTAS-NR-002-1-032
tiRNA-5029-ProAGGGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTCTCGProAGGAS-NR-002-1-033
tiRNA-5031-GluTTC-1TCCCTGGTGGTCTAGTGGCTAGGATTCGGCGGluTTCAS-NR-002-1-034
tiRNA-5031-HisGTG-1GCCGTGATCGTATAGTGGTTAGTACTCTGCGHisGTGAS-NR-002-1-035
tiRNA-5031-GluCTC-1TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGGluCTCAS-NR-002-1-036
tiRNA-5034-GlyCCC-1GCGCCGCTGGTGTAGTGGTATCATGCAAGATTCCGlyCCCAS-NR-002-1-037
tiRNA-5034-GluTTC-1TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTTGluTTCAS-NR-002-1-038
tiRNA-5033-LysTTT-1GCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTLysTTTAS-NR-002-1-039
tiRNA-5032-LysTTT-1GCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACLysTTTAS-NR-002-1-040
tiRNA-5031-PheGAAGCCGAAATAGCTCAGTTGGGAGAGCTTTAGAPheGAAAS-NR-002-1-041
tiRNA-5034-ValTAC-3GGTTCCATAGTGTAGTGGTTATCACATCTGCTTTValTACAS-NR-002-1-042
tiRNA-5030-GlnTTG-3GGTCCCGTGGTGTAATGGTTAGCACTCTGGGlnTTGAS-NR-002-1-043
tiRNA-5029-GlyGCC-3GCATTGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGGlyGCCAS-NR-002-1-044
tiRNA-5035-GluTTC-1TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTTTGluTTCAS-NR-002-1-045
tiRNA-5035-GluTTC-2TCCCATATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTTTGluTTCAS-NR-002-1-046
tiRNA-5034-GluTTC-2TCCCATATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTTGluTTCAS-NR-002-1-047
tiRNA-5035-GluTTC-3TCCCTGGTGGTCTAGTGGCTAGGATTCGGCGCTTTGluTTCAS-NR-002-1-048
tiRNA-5032-GluTTC-1TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTGluTTCAS-NR-002-1-049
tiRNA-5035-GluCTCTCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTGluCTCAS-NR-002-1-050
tiRNA-5030-SerGCT-3GACGAGGTGGCCGAGTGGTTAAGGCGATGGSerGCTAS-NR-002-1-051
tiRNA-5030-SerGCT-1GACGAGGTGGCCGAGTGGTTAAGGCAATGGSerGCTAS-NR-002-1-052
tiRNA-5031-HisGTG-2GCCGTAATCGTATAGTGGTTAGTACTCTGCGHisGTGAS-NR-002-1-053
tiRNA-5029-AlaAGC-1GGGGGATTAGCTCAAATGGTAGAGCCCTCAlaAGCAS-NR-002-1-054
tiRNA-5032-LysCTT-1GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGGGACLysCTTAS-NR-002-1-055
1001GAAGCGGGTGCTCTTATTTTSerTGAAS-NR-002-1-056
1003GCTAAGGAAGTCCTGTGCTCAGTTTTSerGCTAS-NR-002-1-057
1004GTGTGTAGCTGCACTTTTAspGTCAS-NR-002-1-058
1005ATGTGGTGGCTTACTTTSerGCTAS-NR-002-1-059
1006GTGTAAGCAGGGTCGTTTTArgACGAS-NR-002-1-060
1007TTCAAAGGTGAACGTTTGlnTTGAS-NR-002-1-061
1010GGTGTGGTCTGTTGTTTValTACAS-NR-002-1-062
1012GCACGAAAATGTGTTTTGlyGCCAS-NR-002-1-063
1013GGCGATCACGTAGATTTTAlaCGCAS-NR-002-1-064
1015TGTGCTCCGGAGTTACCTCGTTTCysGCAAS-NR-002-1-065
1020GAGAGCGCTCGGTTTTTPheGAAAS-NR-002-1-066
1025GAGGGTTCTCACCTTCTCTCTCCGATTTIleAATAS-NR-002-1-067
1026TTCCGTGGGTTTGTTTTIleAATAS-NR-002-1-068
1027ATGGCCGCATATATTTMetCATAS-NR-002-1-069
1028GAGGCTTAAACTTTTAspGTCAS-NR-002-1-070
1029ATAGGTATTAAGGTTTTAlaTGCAS-NR-002-1-071
1030GGAATGTCAGCTTTTSerAGAAS-NR-002-1-072
1031ACAAGTGCGGTTTTTTTyrGTAAS-NR-002-1-073
1032AAGAGGAGTTGTTTTLeuTAAAS-NR-002-1-074
1033GTGGGGTGCCTCACAGCTTCGCTGCGTGAGCATTTTArgACGAS-NR-002-1-075
1035GATATCCAACCTTCGGCTATAGGGTGGAGACTTTTTThrCGTAS-NR-002-1-076
1036GGGTTGCTGTCTTTTLeuAAGAS-NR-002-1-077
1037ACCTCAGAAGGTCTCACTTTLeuTAGAS-NR-002-1-078
1038AGGTGAAAGTTCCTTTArgCCTAS-NR-002-1-079
1039TCGAGAGGGGCTGTGCTCGCAAGGTTTCTTTArgCCTAS-NR-002-1-080
1040GTGGGTGGCTTTTTTIleAATAS-NR-002-1-081
1041TGCGGTACCACTTTTGlyTCCAS-NR-002-1-082
1042AACCGAGCGTCCAAGCTCTTTCCATTTTThrAGTAS-NR-002-1-083
3002BTCAAATCCCGGACGAGCCCCCAProCGGAS-NR-002-1-084
3004BTCAAATCTCGGTGGGACCTCCAGlnTTGAS-NR-002-1-085
3006BTCAAGTCCCTGTTCGGGCGCCALysTTTAS-NR-002-1-086
3031BTCGCTGGTTCGAATCCGGCTCGGAGGACCATyrGTAAS-NR-002-1-087
3033ACCCACCCAGGGACGCCAAsnGTTAS-NR-002-1-088
3030ATTCCGGCTCGAAGGACCATyrGTAAS-NR-002-1-089
3030BTCGATTCCGGCTCGAAGGACCATyrGTAAS-NR-002-1-090
3002AATCCCGGACGAGCCCCCAProAGGAS-NR-002-1-091
3003ATCCGGGTGCCCCCTCCACysGCAAS-NR-002-1-092
3003BTCAAATCCGGGTGCCCCCTCCACysGCAAS-NR-002-1-093
3006ATCCCTGTTCGGGCGCCALysTTTAS-NR-002-1-094
3008AACCGGGCGGAAACACCAValAACAS-NR-002-1-095
3008BTCGAAACCGGGCGGAAACACCAValAACAS-NR-002-1-096
3009BTCGAACCCCACTCCTGGTACCALeuTAAAS-NR-002-1-097
3011/12AATCCCACTCCTGACACCA
ATCCCACTTCTGACACCA
LeuCAG
LeuCAA
LeuCAG
AS-NR-002-1-098
3016/18/22BTCGAGCCCCACGTTGGGCGCCA
TCGAGCCTCAGAGAGGGCACCA
LysCTT
MetCAT
AS-NR-002-1-099
3017AAGCCCCAGTGGAACCACCAValTACAS-NR-002-1-100
3017BTCGAGCCCCAGTGGAACCACCAValTACAS-NR-002-1-101
3019/20/21BTCGATCCCCAGTACCTCCACCA
TCGATCCCCGGCACCTCCACCA
TCGATCCCCGGCATCTCCACCA
AlaAGC
AlaTGC
AlaCGC
AlaTGC
AS-NR-002-1-102
3026BTCGATTCCCGGCCAACGCACCAGlyTCCAS-NR-002-1-103
3027/28BTCGATTCCCGGCCCATGCACCA
TCGATTCCCGGCCAATGCACCA
GlyGCC
GlyGCC
AS-NR-002-1-104
3019ATCCCCAGTACCTCCACCAAlaAGCAS-NR-002-1-105
3020/21ATCCCCGGCACCTCCACCA
TCCCCGGCATCTCCACCA
AlaTGC
AlaAGC
AlaTGC
AlaCGC
AS-NR-002-1-106
3022ATCCCCGTACGGGCCACCAIleAATAS-NR-002-1-107
3026/27/28ATTCCCGGCCAACGCACCA
TCCCGGCCAATGCACCA
TCCCGGCCCATGCACCA
GlyTCC
GlyCCC
GlyGCC
GlyGCC
AS-NR-002-1-108
3029ATTCCCGGTCAGGGAACCAGluCTCAS-NR-002-1-109
3031ATCCGGCTCGGAGGACCATyrGTAAS-NR-002-1-110
5001ACCTTCGATAGCTCAGTyrGTAAS-NR-002-1-111
5001BCCTTCGATAGCTCAGCTGGTAGAGCTyrGTAAS-NR-002-1-112
5002AGACCCAGTGGCCTAArgCCGAS-NR-002-1-113
5002BGACCCAGTGGCCTAATGGAArgCCGAS-NR-002-1-114
5008BGCGTTGGTGGTATAGTGGTGAGCGlyTCCAS-NR-002-1-115
5009AGCTTCTGTAGTGTAGValCACAS-NR-002-1-116
5009BGCTTCTGTAGTGTAGTGGTTATCValCACAS-NR-002-1-117
5010AGGCCGGTTAGCTCAGSerACTAS-NR-002-1-118
5011AGGCTCGTTGGTCTAGProCGGAS-NR-002-1-119
5012BGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGAProCGGAS-NR-002-1-120
5013BGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATProCGGAS-NR-002-1-121
5015/17AGGGGGTATAGCTC
GGGGGTGTAGCTC
AlaAGC
TyrGTA
ValAAC
CysGCA
AlaTGC
AlaCGC
AlaAGC
AS-NR-002-1-122
5016AGGGGGTATAGCTCAGCysGCAAS-NR-002-1-123
5019AGGTAGCGTGGCCGAGCLeuTAGAS-NR-002-1-124
5019BGGTAGCGTGGCCGAGCGGTCTAAGLeuTAGAS-NR-002-1-125
5020/21AGGTTCCATAGTGTA
GGTTCCATGGTGTA
ValTAC
GlnCTG
AS-NR-002-1-126
5020BGGTTCCATAGTGTAGTGGTTATCValTACAS-NR-002-1-127
5021BGGTTCCATGGTGTAATGGGlnCTGAS-NR-002-1-128
5022AGTAGTCGTGGCCGASerTGAAS-NR-002-1-129
5022BGTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAGGCSerTGAAS-NR-002-1-130
5023BGTCAGGATGGCCGAGCGGTCTAALeuCAGAS-NR-002-1-131
5024AGTTAAGATGGCAGALeuTAAAS-NR-002-1-132
5026AGTTTCCGTAGTGTAGTGGValCACAS-NR-002-1-133
5026/27BGTTTCCGTAGTGTAGTGGTCATC
GTTTCCGTAGTGTAGTGGTTATC
ValAAC
ValCAC
ValAAC
AS-NR-002-1-134
5028/29ATCCCACATGGTCTAGCGG
TCCCATATGGTCTAGCGG
GluTTC
GluTTC
AS-NR-002-1-135
5028/29BTCCCACATGGTCTAGCGGTTAGG
TCCCATATGGTCTAGCGGTTAGG
GluTTC
GluTTC
AS-NR-002-1-136
5032ATCCTCGTTAGTATAGTGGAspGTCAS-NR-002-1-137
5032BTCCTCGTTAGTATAGTGGTGAGTAspGTCAS-NR-002-1-138
TRF21-26ACCAGAATGGCCGAGTGGTTLeuTAAAS-NR-002-1-139
TRF63AGCAGAGTGGTGCAGTGGMetCATAS-NR-002-1-140
TRF23ACCCTGTGGTCTAGTGGGluTTCAS-NR-002-1-141
TRF205CCCCTGGTGGTCTAGTGCTTAGGATTTGluCTCAS-NR-002-1-142
TRF208CCCTGTGGTCTAGTGGTTAGGluTTCAS-NR-002-1-143
TRF223CGCTCTTTGGTCTAGGGGProAGGAS-NR-002-1-144
TRF250CTCGTTAGTATAGTGGTAspGTCAS-NR-002-1-145
TRF272/274GACCTCGTGGCGCAACGG
GACCTCGTGGCGCAATGG
TrpCCA
TrpCCA
AS-NR-002-1-146
TRF273GACCTCGTGGCGCAACGGTTrpCCAAS-NR-002-1-147
TRF293/294GCATGGGTGATTCAGTGGTAGAATTT
GCATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTC
GlyGCC
GlyGCC
AS-NR-002-1-148
TRF305/306
307
GCCCCAGTGGCCTAATGGA
GCCCCAGTGGCCTGATGGA
GCCCCGGTGGCCTAATGGA
ArgCCT
ArgCCT
ArgCCT
AS-NR-002-1-149
TRF308GCCCGACTACCTCAGTCGGLysCTTAS-NR-002-1-150
TRF312GCCCGGATGATCCTCAGTGGTSeCTCAAS-NR-002-1-151
TRF316GCCCTCTTAGCGCAGTGGGMetCATAS-NR-002-1-152
TRF318GCCGAAATAGCTCAGTTGGPheGAAAS-NR-002-1-153
TRF320GCCGTGATCGTATAGTGGTTAHisGTGAS-NR-002-1-154
TRF321GCCTCCTTAGCGCAGMetCATAS-NR-002-1-155
TRF322GCCTCGTTAGCGCAGTAGGMetCATAS-NR-002-1-156
TRF323/324
326
GCCTGGATAGCTCAGTCGG
GCCTGGATAGCTCAGTTGG
GCCTGGGTAGCTCAGTCGG
LysTTT
LysTTT
LysTTT
AS-NR-002-1-157
TRF337-339GCGTTGGTGGTATAGTGGTGlyTCCAS-NR-002-1-158
TRF347GCTTCTGTAGTGTAGTGGValCACAS-NR-002-1-159
TRF351GGATTGGTGGTCCAGTGGTAGAATTCArgCCTAS-NR-002-1-160
TRF354GGCCCTATAGCTCAGGGGThrTGTAS-NR-002-1-161
TRF356/359GGCCGCGTGGCCTAATGGA
GGCCGTGTGGCCTAATGGA
ArgTCG
ArgTCG
AS-NR-002-1-162
TRF368GGCTCCGTGGCGCAATGGAArgTCTAS-NR-002-1-163
TRF366GGCTCCATAGCTCAGTGGTTAGAGCAThrTGTAS-NR-002-1-164
TRF365GGCTCCATAGCTCAGGGGTThrTGTAS-NR-002-1-165
TRF373GGCTCTGTGGCGCAATGGAArgTCTAS-NR-002-1-166
TRF374GGCTCTGTGGCTTAGTTGGCThrCGTAS-NR-002-1-167
TRF375GGCTTCGTGGCTTAGCTGGThrAGTAS-NR-002-1-168
TRF393GGGGGCATAGCTCAGTGGCysGCAAS-NR-002-1-169
TRF396GGGGGTATAGCTCAGCGGTAlaAGCAS-NR-002-1-170
TRF417GGTAGCGTGGCCGAGTGGTCTLeuTAGAS-NR-002-1-171
TRF457GTAGTCGTGGCCGAGTGGSerAGAAS-NR-002-1-172
TRF460GTCACGGTGGCCGAGTGGSerCGAAS-NR-002-1-173
TRF462GTCAGGATGGCCGAGCGGTLeuCAGAS-NR-002-1-174
TRF463GTCAGGATGGCCGAGTGGLeuCAAAS-NR-002-1-175
TRF466
468
469
471
472
473
GTCTCTGTGGCACAATCGGT
GTCTCTGTGGCGCAATCGG
GTCTCTGTGGCGCAATCGGT
GTCTCTGTGGCGCCATCGGT
GTCTCTGTGGCGTAGTCGGT
GTCTCTGTGGTGCAATCGGT
AsnGTT
AsnGTT
AsnGTT
AsnGTT
AsnGTT
AsnGTT
AS-NR-002-1-176
TRF490GTTAAGATGGCAGAGLeuTAAAS-NR-002-1-177
TRF492GTTAAGATGGCAGAGCCTGGTLeuTAAAS-NR-002-1-178
TRF493GTTAAGATGGCATAGCCCLeuTAAAS-NR-002-1-179
TRF511GTTTCCGTAGTGTAGValCACAS-NR-002-1-180
TRF524TAGGATGTGGTGTGACAGGlnTTGAS-NR-002-1-181
TRF533/534TCCCACATGGTCTAGCGGT
TCCCATATGGTCTAGCGGT
GluTTC
GluTTC
AS-NR-002-1-182
TRF537TCCCCTTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGluCTCAS-NR-002-1-183
TRF546/547TCCTCGTTAGTATAGTGGT
TCCTCATCAGTATAGTGGT
AspGTC
AspGTC
AS-NR-002-1-184
TRF550/551TCCTTGGTGGTCTAGTGGCTAG
TCCTTGATGTCTAGTGGTTAG
GluTTC
GluCTC
AS-NR-002-1-185

 

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